電磁流量計在使用中經常會遇到兩大類故障， 類是儀表本身的故障，儀表結構件或元器件損壞引起的故障。第二類是外界原因，管道安裝不正確，管道長期沉積等。
按照使用過程中發生故障分類：①運行期故障，②調試期故障。調試期故障出現在新裝用后調試初期，主要原因是儀表選用或設定不當，安裝不妥等。運行期故障足在運行段時期后出現，主要原因有流體中雜質附著電襯里，環境條件變化出現新干擾源等。
按故障外界源頭分析來自3個方面：①管道系統和安裝等方面引起的;②環境方面引起的;③流體方面引起的。來源①主要在調試期表現出來;來源②和③則在調試期和運行期均會出現。
、智能電磁流量計運行期故障
經初期調試并正常運行段時期后在運行期間出現的故障，常見故障原因有：流量傳感器內壁附著層，雷電擊，環境條件變化。
1、內壁附著層
由于電磁流量計測量含有懸浮固相或污臟體的機會遠比其他流量儀表多，出現內壁附著層產生的故障概率也就相對較。若附著層電導率與液體電導率相近，儀表還能正常輸出信號，只是改變流通面積，形成測量誤差的隱性故障;若是電導率附著層，電間電動勢將被短路;若是 緣性附著層，電表面被 緣而斷開測量電路。后兩種現象均會使儀表無法工作。
2、雷電擊
雷電擊在線路中感應瞬時電壓和浪涌電流，進入儀表就會損壞儀表。雷電擊損儀表有3條引入途徑：電源線，傳感器勺轉換器間的流量信號線和激磁線。然而從雷電故障中損壞部件的分析，引起故障的感應電壓和浪涌電流大部分足從控制室電源線路引入的，其他兩條途徑較少。還從發生雷擊事故現場了解到，不僅電磁流量計出現故障，控制室中其他儀表電常常同時出現雷擊事故。因此使用單位要認識設置控制室儀表電源線防雷設施的重要性。現任已有若于設計單位隊識和探索解決這問題。
3、環境條件變化
主要原因同上節調試期故障環境方面，只是干擾源不在調試期出現而在運行期間再介入的。例如臺接地保護并不理想的電磁流量計，調試期因無廠擾源，儀表運行正常，然而在運行期出現新干擾源(例如測量點附近管道或較遠處實施管道電焊)干擾儀表正常運行，出現輸出信號大幅度波動。
二、電磁流量計調試期故障
本類故障在電磁流量計初始裝用調試時就出現，但經改進排除故障，以后在相同條件下般就不會再度出現。常見調試期故障主要有安裝不妥、環境干擾、流體性響三方面原因。
1、管道系統和安裝等方面
通常是電磁流量傳感器安裝位置不正確引起的故障，常見的例如將流量傳感器安裝在易積聚潴留氣體的管網點;流量傳感器后無背壓，液體逕直排人大氣，形成其測量管內非滿管;裝在自上向下流的垂直管道上，可能出現排空等，明渠流量計的安裝比較殊，由于是潛與水下，所以要保證無浮動。
2、環境方面
主要是管道雜散電流干擾，空間電磁波干擾，大電機磁場干擾等。管道雜散電流干擾通常采取良好單接地保護可獲得滿意測量，但如遇管道有強雜散電流(如電解車間管道)亦不定能克服，須采取流量傳感器與管道緣 的措施。空間電磁波干擾-般經信號電纜引入，通常采用單層或多層屏蔽予以保護，但也曾遇到屏蔽保護還不能克服。
3、流體方面
液體含有均勻分布細小氣泡通常不響正常測量，唯所測得體積流量是液體和氣體兩之和;氣泡增大會使輸出信號波動，若氣泡大到流過電遮蓋整個電表面，使電信號回路瞬時斷開，輸出信號將產生大波動。
低頻(50/16Hz-50/6Hz)矩形波激磁電磁流量計測量液體中含有固體過定含量時將產生漿液噪聲，輸出信號亦會有定程度波動。
兩種或兩種以上液體作管道混合工藝時，若兩種液體電導率(或各自與電間電位)有差異，在混合未均勻前即進入流量傳感器進行流量測量，輸出信號亦會產生波動。
電材質與被測介質選配不善，產生鈍化或氧化等化學作用，電表面形成 緣膜，以及電化學和化現象等，均會妨礙正常測量。